Zelena vodika je idealno pogonsko gorivo z velikim potencialom, ki lahko igra ključno vlogo pri dekarbonizaciji prometnega sektorja. V primerjavi s tradicionalnimi fosilnimi gorivi zelena vodika pri zgorevanju proizvede samo vodo, brez kakršnih koli škodljivih plinastih emisij, kar je zelo koristno za varstvo okolja. Na področju cestnega prometa lahko zelena vodika najde uporabo v vozilih s pogonom na gorivne celice (FCV), kot so avtomobili, avtobusi in tovornjaki. FCV-ji uporabljajo vodik in kisik za proizvodnjo elektrike s pomočjo gorivnih celic, s čimer poganjajo vozilo, in imajo prednosti visoke učinkovitosti ter hitrega ponovnega polnjenja. Na področju letalskega in pomorskega prometa, čeprav obstajajo še nekatere tehnične izzive, zelena vodika in njene izpeljanke, kot je zelena amonijak, verjetno postanejo v prihodnosti čista alternativna goriva, ki bodo temu sektorju pomagala zmanjšati emisije ogljika.