Зелений водень є ідеальним паливом для транспортування з великим потенціалом, який може відіграти ключову роль у декарбонізації транспортного сектора. Порівняно з традиційними викопними паливами, зелений водень виробляє лише воду під час згоряння, без шкідливих викидів газів, що дуже корисно для охорони навколишнього середовища. У сфері автомобільних перевезень зелений водень може використовуватися у паливних елементах (FCV), таких як автомобілі, автобуси та важкі вантажівки. FCV використовують водень і кисень для виробництва електроенергії через паливні елементи для руху транспортного засобу, маючи переваги високої ефективності та швидкого заправлення. У сфері авіаційних та морських перевезень, хоча ще існують деякі технічні проблеми, зелений водень та його похідні, такі як зелений аміак, також очікуються як чисті альтернативні палива у майбутньому, що допоможе цим галузям зменшити викиди вуглецю.