Grønn hydrogen er en ideell transportdrivstoff med stort potensial, som kan spille en nøkkelrolle i dekarboniseringen av transportsektoren. Sammenlignet med tradisjonelle fossile drivstoffer produserer grønn hydrogen kun vann når det brennes, uten noen skadelige gassutslipp, noe som er svært fordelaktig for miljøbeskyttelsen. I veitransportsektoren kan grønn hydrogen brukes i brenselcellebiler (FCV), slik som biler, busser og tunge lastebiler. FCVer bruker hydrogen og oksygen til å generere elektrisitet gjennom brenselceller for å drive kjøretøyet, og har fordelene høy effektivitet og rask påfylling. Innen luftfart og sjøtransport er det ennå noen tekniske utfordringer, men grønn hydrogen og dets derivater, slik som grønn ammoniakk, forventes også å bli rene alternativedrivstoffer i fremtiden, og vil hjelpe disse sektorene med å redusere CO₂-utslipp.