Зеленото водородно гориво е идеално транспортно гориво с голям потенциал, което може да изиграе ключова роля в декарбонизацията на транспортния сектор. В сравнение с традиционните изкопаеми горива, зеленото водородно гориво при изгаряне отделя само вода, без никакви вредни емисии на газове, което е много полезно за опазването на околната среда. В областта на пътния транспорт, зеленото водородно гориво може да се използва в превозни средства с горивни клетки (FCVs), като коли, автобуси и тежки камиони. Горивните клетки използват водород и кислород, за да генерират електричество, което задвижва превозното средство, с предимствата на висока ефективност и бързо зареждане. В областта на авиационния и морския транспорт, въпреки че все още съществуват някои технически предизвикателства, зеленото водородно гориво и неговите производни, като зелен амоняк, също се очаква да станат чисти алтернативни горива в бъдеще, което ще помогне на тези области да намалят въглеродните си емисии.