Žaliasis vandenilis yra idealus transporto kuras, turintis didelį potencialą ir gali vaidinti svarbų vaidmenį transporto sektoriaus dekarbonizacijos procese. Lyginant su tradiciniais fosiliniais kurais, sudeginus žaliojį vandenilį susidaro tik vanduo, nesiskiria jokie kenksmingi dujų išmetimai, todėl tai labai naudinga aplinkos apsaugai. Kelių transporto srityje žalis vandenilis gali būti naudojamas kuro elementų transportuose (FCV), tokiuose kaip automobiliai, autobusai ir sunkieji sunkvežimiai. Kuro elementų transporto priemonės naudoja vandenilį ir deguonį, kad kuro elementuose būtų generuojama elektra transporto priemonėms varžyti, o tai turi privalumų – aukšta efektyvumo ir greito atsinaujinimo. Aviacijos ir jūrų transporto srityse, nors vis dar yra kai kurių techninių iššūkių, žalis vandenilis ir jo dariniai, tokie kaip žalias amoniakas, taip pat laukiami kaip švarūs alternatyvūs kurai ateityje, padėsiantys šioms sritims sumažinti anglies išmetimus.