हरित हाइड्रोजन एक आदर्श परिवहन ईंधन है जिसमें बहुत अधिक संभावनाएं हैं तथा परिवहन क्षेत्र के डीकार्बोनाइजेशन में महत्वपूर्ण भूमिका निभा सकता है। पारंपरिक जीवाश्म ईंधनों की तुलना में, हरित हाइड्रोजन जलने पर केवल पानी उत्पन्न करता है, कोई हानिकारक गैस उत्सर्जन नहीं करता, जो पर्यावरण संरक्षण के लिए बहुत लाभदायक है। सड़क परिवहन के क्षेत्र में, हरित हाइड्रोजन का उपयोग ईंधन सेल वाहनों (FCVs) में किया जा सकता है, जैसे कि कारें, बसें और भारी वाहन। FCVs वाहन को चलाने के लिए ईंधन सेल के माध्यम से हाइड्रोजन और ऑक्सीजन का उपयोग करके बिजली उत्पन्न करते हैं, जिनमें उच्च दक्षता और त्वरित ईंधन भरने के लाभ हैं। विमानन और समुद्री परिवहन के क्षेत्र में, यद्यपि कुछ तकनीकी चुनौतियां अभी भी मौजूद हैं, हरित हाइड्रोजन और इसके व्युत्पन्न, जैसे हरित अमोनिया, भविष्य में स्वच्छ वैकल्पिक ईंधन बनने की उम्मीद है, जो इन क्षेत्रों में कार्बन उत्सर्जन को कम करने में सहायता करेगा।