Wodór zielony jest idealnym paliwem transportowym o ogromnym potencjale, który może odegrać kluczową rolę w dekarbonizacji sektora transportowego. W porównaniu z tradycyjnymi paliwami kopalnymi, spalany wodór zielony wytwarza wyłącznie parę wodną, bez emisji szkodliwych gazów, co jest bardzo korzystne dla ochrony środowiska. W transporcie drogowym zielony wodór może być wykorzystywany w pojazdach z ogniwami paliwowymi (FCVs), takich jak samochody, autobusy czy ciężarówki. Pojazdy te wykorzystują wodór i tlen do wytwarzania energii elektrycznej poprzez ogniska paliwowe, napędzając pojazd, a ich zaletami są wysoka wydajność oraz szybkie tankowanie. W transporcie lotniczym i morskim, mimo że nadal istnieją pewne wyzwania techniczne, wodór zielony oraz jego pochodne, takie jak zielony amoniak, również mają potencjał by stać się w przyszłości czystymi alternatywnymi paliwami, pomagając tym sektorom w redukcji emisji węgla.