Το πράσινο υδρογόνο είναι ένα ιδανικό καύσιμο για τη μεταφορά με μεγάλο δυναμικό, το οποίο μπορεί να διαδραματίσει κυρίαρχο ρόλο στην αποεμπολισμό του τομέα των μεταφορών. Σε σχέση με τα παραδοσιακά ορυκτά καύσιμα, το πράσινο υδρογόνο παράγει μόνο νερό όταν καίγεται, χωρίς εκπομπές επιβλαβών αερίων, κάτι που είναι πολύ ευεργετικό για το περιβάλλον. Στον τομέα των οδικών μεταφορών, το πράσινο υδρογόνο μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε οχήματα με καυστήρες καυσίμων (FCVs), όπως αυτοκίνητα, λεωφορεία και φορτηγά μεγάλου φορτίου. Τα FCVs χρησιμοποιούν υδρογόνο και οξυγόνο για να παράγουν ηλεκτρισμό μέσω κυψελών καυσίμου για να κινήσουν το όχημα, με πλεονεκτήματα όπως η υψηλή απόδοση και η γρήγορη ανεφοδιασμός. Στους τομείς της αεροπορίας και των θαλάσσιων μεταφορών, παρότι υπάρχουν ακόμη ορισμένες τεχνικές προκλήσεις, το πράσινο υδρογόνο και οι παράγωγά του, όπως η πράσινη αμμωνία, αναμένεται επίσης να αποτελέσουν καθαρά εναλλακτικά καύσιμα στο μέλλον, βοηθώντας αυτούς τους τομείς να μειώσουν τις εκπομπές άνθρακα.