সবুজ হাইড্রোজেন একটি আদর্শ পরিবহন জ্বালানি যার সম্ভাবনা অপরিসীম, যা পরিবহন খাতের ডিকার্বনাইজেশনে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করতে পারে। পারম্পরিক জ্বালানি থেকে পার্থক্য হলো সবুজ হাইড্রোজেন দহনের সময় কেবল জল উৎপন্ন করে, কোনও ক্ষতিকারক গ্যাস নির্গত হয় না, যা পরিবেশ রক্ষার জন্য খুবই উপকারী। সড়ক পরিবহনের ক্ষেত্রে, সবুজ হাইড্রোজেন ফুয়েল সেল ভাহিকল (FCVs) এ ব্যবহার করা যেতে পারে, যেমন গাড়ি, বাস এবং ভারী ট্রাক। FCVs ফুয়েল সেলের মাধ্যমে হাইড্রোজেন এবং অক্সিজেন ব্যবহার করে বিদ্যুৎ উৎপাদন করে যা গাড়ি চালায়, যার সুবিধা হলো উচ্চ দক্ষতা এবং দ্রুত জ্বালানি পূরণ। বিমান এবং সমুদ্র পরিবহনের ক্ষেত্রে, যদিও কিছু প্রযুক্তিগত চ্যালেঞ্জ এখনও রয়েছে, সবুজ হাইড্রোজেন এবং এর সঞ্চালিত পণ্য, যেমন সবুজ অ্যামোনিয়া, ভবিষ্যতে পরিষ্কার বিকল্প জ্বালানি হিসাবে প্রত্যাশিত হয়, এই ক্ষেত্রগুলিতে কার্বন নি:সরণ কমাতে সাহায্য করবে।