A zöld hidrogén ideális szállítási üzemanyag nagy potenciállal, amely kulcsfontosságú szerepet játszhat a közlekedési szektor szénmentesítésében. A hagyományos fosszilis üzemanyagokkal összehasonlítva a zöld hidrogén égése során csupán víz keletkezik, semmilyen káros gázkibocsátás nem történik, ami nagyon előnyös a környezetvédelem szempontjából. A közúti közlekedés területén a zöld hidrogén felhasználható üzemanyagcellás járművekben (FCV), például személyautókban, buszokban és nehéz teherautókban. Az FCV-k hidrogént és oxigént használnak az elektromos áram előállításához az üzemanyagcellákon keresztül, amelyek meghajtják a járművet, emellett magas hatásfokkal és gyors tankolási lehetőséggel rendelkeznek. A légi és tengeri szállítás területén bár még vannak bizonyos műszaki kihívások, a zöld hidrogén és származékai, mint például a zöld ammónia, várhatóan a jövőben tiszta alternatív üzemanyagként fognak szerepelni, segítve ezeket a területeket a szén-dioxid-kibocsátás csökkentésében.