Zelený vodík je ideální dopravní palivo s velkým potenciálem, který může sehrát klíčovou roli při dekarbonizaci dopravního sektoru. Ve srovnání s tradičními fosilními palivy produkují zelený vodík při spalování pouze vodu, bez jakýchkoli škodlivých emisí plynů, což je velmi výhodné pro ochranu životního prostředí. V oblasti silniční dopravy může být zelený vodík použit ve vozidlech s palivovými články (FCV), jako jsou automobily, autobusy a těžké nákladní automobily. FCV využívají vodík a kyslík k výrobě elektřiny prostřednictvím palivových článků pro pohon vozidla, a to s výhodami vysoké účinnosti a rychlého doplnění paliva. V oblasti letecké a námořní dopravy, i když zde stále existují některé technické výzvy, zelený vodík a jeho deriváty, jako je zelený amoniak, se rovněž v budoucnu očekávají jako čistá alternativní paliva, která pomohou těmto oborům snížit emise CO2.