Grøn hydrogen er en ideel transportbrændstof med stor potentiale, som kan spille en nøglerolle i dekarboniseringen af transportsektoren. I forhold til traditionelle fossile brændstoffer producerer grøn hydrogen kun vand, når det afbrændes, uden nogen skadelige gasemissioner, hvilket er meget fordelagtigt for miljøbeskyttelsen. I vejtransportsektoren kan grøn hydrogen anvendes i brændselscellebiler (FCV'er), såsom biler, busser og tunge lastbiler. FCV'er bruger hydrogen og ilt til at generere elektricitet gennem brændselsceller for at drive køretøjet, med fordelene ved høj effektivitet og hurtig genopfyldning. I luftfarts- og skibstransportsektorerne, selvom der stadig er nogle tekniske udfordringer, forventes grøn hydrogen og dets derivater, såsom grøn ammoniak, også at blive rene alternative brændstoffer i fremtiden, som kan hjælpe disse sektorer med at reducere deres CO2-udledning.