Yeşil hidrojen, ulaşım sektörünün karbonsuzlaştırmasında önemli rol oynayabilecek, büyük potansiyele sahip ideal bir ulaşım yakıtıdır. Geleneksel fosil yakıtlarla karşılaştırıldığında, yeşil hidrojenin yanması sırasında sadece su oluşur ve hiçbir zararlı gaz emisyonu oluşmaz, bu da çevrenin korunması açısından oldukça faydalıdır. Kara ulaşımı alanında, yeşil hidrojen yakıt hücresi araçlarında (FCV'ler), örneğin otomobillerde, otobüslerde ve ağır yük kamyonlarında kullanılabilir. FCV'ler, aracı çalıştırmak için yakıt hücreleri aracılığıyla hidrojen ve oksijenden elektrik üretir ve yüksek verimlilik ve hızlı yeniden yakıt dolumu avantajlarına sahiptir. Havacılık ve deniz ulaşımı alanlarında ise teknik zorluklar hâlâ devam etse de, yeşil hidrojen ve türevleri, örneğin yeşil amonyak, gelecekte bu alanlarda temiz alternatif yakıtlar olarak kullanılabilecek ve karbon emisyonlarını azaltmada önemli rol oynayacaktır.