Zelený vodík je ideálnym dopravným palivom s veľkým potenciálom, ktorý môže zohrať kľúčovú úlohu pri dekarbonizácii dopravného sektora. V porovnaní s tradičnými fosílnymi palivami zelený vodík pri spaľovaní produkuje iba vodu, bez akýchkoľvek škodlivých emisií plynov, čo je veľmi výhodné pre ochranu životného prostredia. V oblasti cestnej dopravy môže byť zelený vodík použitý vo vozidlách s palivovými článkami (FCV), ako sú automobily, autobusy a ťažké nákladné kamióny. FCV využívajú vodík a kyslík na výrobu elektriny prostredníctvom palivových článkov, ktorá poháňa vozidlo, a majú výhody vysokej účinnosti a rýchleho natankovania. V oblasti leteckej a námornej dopravy, aj keď ešte stále existujú niektoré technické výzvy, zelený vodík a jeho deriváty, ako je zelený amoniak, sa v budúcnosti predpokladá, že sa stanú čistými alternatívnymi palivami, ktoré pomôžu týmto oblastiam znížiť emisie CO₂.