ไฮโดรเจนสีเขียวเป็นเชื้อเพลิงสำหรับการขนส่งที่มีศักยภาพสูง และสามารถมีบทบาทสำคัญในการลดการปล่อยคาร์บอนของภาคการขนส่ง เมื่อเทียบกับเชื้อเพลิงฟอสซิลดั้งเดิม ไฮโดรเจนสีเขียวจะให้ผลพลอยได้เพียงน้ำหลังการเผาไหม้ โดยไม่มีการปล่อยก๊าซที่เป็นอันตราย ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อสิ่งแวดล้อมอย่างมาก ในด้านการขนส่งทางถนน ไฮโดรเจนสีเขียวสามารถนำไปใช้ในยานพาหนะที่ใช้เซลล์เชื้อเพลิง (FCVs) เช่น รถยนต์ รถบัส และรถบรรทุกหนัก เซลล์เชื้อเพลิงในรถ FCVs จะใช้ไฮโดรเจนและออกซิเจนในการผลิตไฟฟ้าเพื่อขับเคลื่อนรถ ซึ่งมีข้อดีคือมีประสิทธิภาพสูงและสามารถเติมเชื้อเพลิงได้อย่างรวดเร็ว ในด้านการบินและขนส่งทางทะเล ถึงแม้ยังมีอุปสรรคทางเทคโนโลยีอยู่บ้าง แต่คาดว่าไฮโดรเจนสีเขียวและสารอนุพันธ์ของมัน เช่น แอมโมเนียสีเขียว จะกลายเป็นเชื้อเพลิงทางเลือกที่สะอาดในอนาคต ซึ่งจะช่วยลดการปล่อยคาร์บอนของภาคส่วนนี้