Hidrogen hijau merupakan bahan api pengangkutan yang ideal dengan potensi besar, yang boleh memainkan peranan utama dalam pendekarbonan sektor pengangkutan. Berbanding bahan api fosil tradisional, hidrogen hijau hanya menghasilkan air apabila dibakar, tanpa sebarang pelepasan gas berbahaya, yang sangat memberi kebaikan kepada perlindungan alam sekitar. Dalam bidang pengangkutan jalan raya, hidrogen hijau boleh digunakan dalam kenderaan sel bahan api (FCVs), seperti kereta, bas dan trak berat. FCVs menggunakan hidrogen dan oksigen untuk menjana elektrik melalui sel bahan api bagi memacu kenderaan, dengan kelebihan kecekapan tinggi dan pengecasan semula yang cepat. Dalam bidang penerbangan dan pengangkutan maritim, walaupun masih terdapat beberapa cabaran teknikal, hidrogen hijau dan terbitannya, seperti ammonia hijau, juga dijangka akan menjadi bahan api alternatif bersih pada masa depan, membantu bidang-bidang ini mengurangkan pelepasan karbon.