グリーン水素は理想的な輸送用燃料であり、大きな潜在能力を持っており、交通分野の脱炭素化において重要な役割を果たすことができます。従来の化石燃料と比較して、グリーン水素は燃焼時に水のみを生成し、有害なガス排出がないため、環境保護に大変有益です。道路輸送分野においては、グリーン水素を燃料電池車（FCV）である乗用車やバス、大型トラックなどで利用することが可能です。FCVは、燃料電池を通じて水素と酸素から電気を生成し、車両を駆動させる仕組みであり、高効率性および迅速な充填の利点を持っています。航空および海洋輸送分野においても、技術的な課題はまだいくつか存在しますが、グリーン水素およびその派生物（例えばグリーンアンモニア）は将来のクリーン代替燃料として期待されており、これらの分野における炭素排出削減に貢献すると考えられています。