Зелени водоник је по својој природи угљенично неутралан, јер његов целокупни животни циклус — од производње до коначне употребе — не ствара нето емисије угљеника. Производи се електролизом воде коришћењем електричне енергије из обновљивих извора као што су сунце, ветар или вода, а процес консумира само воду и чисту енергију, ослобађајући кисеоник као нуспродукт. Када се зелени водоник користи — било у горивним ћелијама за производњу електричне енергије, у индустријским процесима или за грејање — он реагује са кисеоником да би произвео енергију и воду, без емисије угљен-диоксида или других стакленичних гасова. Овај затворени циклус обезбеђује да се у атмосферу не додаје угљеник, чиме се разликује од сивог водоника (који се производи из фосилних горива са високим емисијама) или плавог водоника (који потиче из фосилних извора са захватом угљеника, код којег и даље постоје остатне емисије). Као угљенично неутрални носилац енергије, зелени водоник је кључан за постизање глобалних климатских циљева и омогућава секторима као што су тешка индустрија и дугорочни транспорт да се деугљениче уколико је директна електрификација тешка.