Zelena vodonik ima širok spektar primene u različitim industrijama, potičući globalne napore ka dekarbonizaciji. U sektoru transporta, on pokreće vozila sa gorivnim ćelijama (FCV), uključujući putnička vozila, kamione i dronove, pri čemu se ispušta samo vodena para, čime se eliminišu emisije izduvnih gasova. Industrijska primena je takođe značajna: koristi se kao čista alternativa fosilnim gorivima u proizvodnji čelika (zamenjujući koksove), smanjujući emisiju ugljenika iz jedne od najenergetski intenzivnijih industrija. U hemijskoj industriji, zelena vodonik se koristi za proizvodnju amonijaka, ključnog sastojka đubriva, kao i u procesima rafiniranja radi smanjenja zavisnosti od vodonika dobijenog iz fosilnih goriva. Za domaćinstva i komercijalnu upotrebu, može se integrisati u kućne energetske sisteme, gde se višak solarne energije pretvara u vodonik putem elektrolize, skladišti i kasnije koristi za proizvodnju električne energije ili grejanje putem gorivnih ćelija. Osim toga, zelena vodonik može da generiše električnu energiju u stacionarnim elektranama sa gorivnim ćelijama, pridonoseći stabilnosti mreže i obezbeđujući rezervno napajanje, čime se dodatno utvrđuje njegova uloga kao višenamenskog rešenja za čistu energiju.