Зелен водород има широко приложение в различни индустрии и насърчава глобалните усилия за декарбонизация. В транспортния сектор той захранва превозни средства с горивни клетки (FCV), включително леки коли, камиони и дронове, като изпуска само водни пари и елиминира емисиите от изпускателната система. Индустриалното приложение също е значимо: той служи като чист алтернативен източник на енергия на фосилните горива при производството на стомана (заменяйки кокса), намалявайки въглеродните емисии от една от най-енергоемките индустрии. В химическата промишленост зелен водород се използва при производството на амоняк – важна съставка в торовете, както и при рафиниращите процеси, за да се намали зависимостта от водород, базиран на фосилни горива. За жилищни и търговски нужди той може да се интегрира в домашни енергийни системи, където излишъчната слънчева енергия се преобразува в водород чрез електролиза, съхранява се и по-късно се използва за производство на електричество или отопление чрез горивни клетки. Освен това зелен водород може да генерира електричество в стационарни електроцентрали с горивни клетки, които поддържат стабилността на мрежата и осигуряват резервно захранване, което допълнително утвърждава неговата роля като многофункционално чисто енергийно решение.