पीसीए की ईंधन सेल हीटिंग प्रणाली ईंधन सेल से अपशिष्ट ऊष्मा को पुनः प्राप्त करके स्थान हीटिंग और गर्म पानी उपलब्ध कराती है। ईंधन सेल 45–55% विद्युत दक्षता पर काम करता है, शेष ऊर्जा ऊष्मा के रूप में निकलती है। इस ऊष्मा को हीट एक्सचेंजर के माध्यम से पकड़ा जाता है और सीधे रेडिएटर्स या फर्श हीटिंग प्रणालियों में उपयोग किया जाता है, जिससे पारंपरिक बॉयलर्स पर निर्भरता कम होती है। उदाहरण के लिए, पीसीए से लैस घरों में ग्रिड-निर्भर प्रणालियों की तुलना में 50% तक हीटिंग लागत में बचत होती है। प्रणाली का तापीय प्रबंधन ठंढ के दौरान संकरित हीटिंग के लिए हीट पंपों के साथ भी एकीकृत होता है, जिससे 100% नवीकरणीय ऊर्जा के साथ पूरे वर्ष आराम की गारंटी होती है।